Aglietti allenatore story

Il 3 novembre 2004 diventa il nuovo allenatore della Rondinella, in Serie D, subentrando all'esonerato Luciano Bruni. Conclude la stagione al 16º posto. Il 9 gennaio 2005 passa alla Sestese in Serie D, subentrando all'esonerato Roberto D'Annibale. 

Nel 2006 è al Viareggio e conquista il primo posto nel Girone E di Serie D e la promozione in C2. 

Nel 2007/2008 raggiunge la salvezza ai playout, nella stagione 2008-09 ottiene il secondo posto e la promozione in Prima Divisione, dopo il verdetto del Consiglio Federale.

La stagione successiva è ingaggiato dalla Sampdoria come allenatore della squadra primavera. Porta la squadra fino in semifinale di campionato, persa 4-1 nel derby col Genoa.

Dal 2010 è allenatore dell'Empoli in Serie B. Confermato sulla panchina azzurra nella stagione successiva, è esonerato il 2 ottobre 2011 a seguito della sconfitta in casa 2-4 col Padova, dopo aver ottenuto in totale 2 vittorie, 5 sconfitte e il sestultimo posto in classifica.

A febbraio 2012 è richiamato all'Empoli, dove subentra all'esonerato Guido Carboni. Non confermato, il 18 giugno lascia l'Empoli dopo averlo salvato ai playout.

Cinque mesi dopo, il 17 novembre 2012, lo ingaggia il Novara con cui, partendo dalla zona retrocessione raggiunge a fine torneo le semifinali playoff, dove viene eliminato dall'Empoli (1-1 all'andata, sconfitta 4-1 al ritorno). Esonerato il 18 novembre 2013 (13 punti in 13 gare e quartultimo posto in classifica), viene sostituito da Alessandro Calori dal 16 febbraio 2014. Richiamato al Novara, verrà di nuovo esonerato il 7 giugno 2014, all'indomani della sconfitta 0-2 in casa ai play-out d'andata contro il Varese.

Rescisso il contratto col Novara, il 12 aprile 2015 firma fino al 2016 con l'Entella, quartultimo in Serie B. Il 20 aprile, al debutto, pareggia 0-0 con la Pro Vercelli, la prima sconfitta arriva il 28 aprile col Varese (0-1), la prima alla penultima giornata: 2-0 al Latina. Con 7 punti in 7 partite (una vittoria, 4 pareggi, 2 sconfitte) arriva ai playout, dove affronta la doppia sfida col Modena. L'Entella retrocede in Lega Pro dopo appena un anno. Per Aglietti, dopo quella col Novara, è la seconda retrocessione in due anni. La media punti è di un punto a partita (7 in 7 gare di campionato, 2 in 2 gare di playout).

La squadra viene ripescata in B in seguito allo scandalo calcioscommesse e si rivela una delle sorprese del campionato arrivando al 9º posto a un punto dai playoff. 

Il 26 maggio 2016, in scadenza di contratto, lascia l'Entella per divergenze con la società sui piani futuri (gli subentra Roberto Breda).

Il 16 giugno seguente diventa il nuovo allenatore dell'Ascoli, con cui firma un biennale.